Научно-исследовательская деятельность в заповеднике направлена на изучение природных комплексов и долговременное слежение за динамикой природных процессов с целью оценки, прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охраны природы, сохранения биологического разнообразия биосферы, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов.

Цель этих долгосрочных и разносторонних исследований — оценка состояния эталонных природных комплексов в экологической обстановке, мониторинг влияния антропогенных факторов на экосистемы региона и разработка научных основ сохранения уникальных природных комплексов, популяций редких видов животных, растений и биологического разнообразия биосферы.

Штатными сотрудниками научного отдела осуществляется государственный экологический мониторинг окружающей среды в рамках единой системы государственного экологического мониторинга.

Являясь биосферным резерватом (БР), многие научные исследования и результаты являются ценной информацией, обеспечивающей устойчивое развитие аборигенному населению, проживающему в зоне сотрудничества БР.

На базе научного отдела заповедника ежегодно проходят практику будущие научные кадры и специалисты в области охраны окружающей среды.

В заповеднике создан и работает научно-технический совет (НТС).

Научно-исследовательская деятельность в заповеднике проводится как штатными сотрудниками, так и специалистами НИИ и высших учебных заведений по общим с заповедником программам.

Результаты многих полевых исследований сотрудников научного отдела заповедника и многочисленныхнаучно-исследовательскихорганизаций, работающих на заповедной территории, собраны в архиве заповедника. За 36 лет работы накоплены научные фонды, архивные материалы, гербарные сборы. Итоги научных исследований заповедной природы отражены в многочисленных статьях, отчетах, книгах и рукописях.